Cơ cấu tổ chức của khoa bao gồm Chi bộ Đảng, Chính quyền khoa, tổ chức công đoàn, tổ chức đoàn thành niên. Các tổ chức hoạt động dưới sự chỉ đạo toàn diện của chi ủy và chi bộ Đảng trong khoa. Được thể hiện theo sơ đồ quản lý sau:

Khoa Kinh tế Tài nguyên và Môi trường là đơn vị trực thuộc Trường Đại học Tài nguyên và Môi trường Hà Nội, có chức năng giúp Hiệu trưởng tổ chức đào tạo ở các trình độ cao đẳng, đại học và sau đại học; triển khai thực hiện công tác nghiên cứu khoa học, hợp tác đào tạo thuộc ngành, lĩnh vực Kế toán, Kinh tế tài nguyên thiên nhiên, Quản trị dịch vụ du lịch và lữ hành, Quản trị kinh doanh, Tài chính - ngân hàng và các hoạt động giáo dục khác theo phân công của Hiệu trưởng.